Bueno, no es exactamente así el problema. Mejor explicado, WordPress introduce en la misma categoría de links los enlaces que creamos nuevos, auque los añadamos a otra categoría. Eso se debe seguramente a la función que utiliza nuestro tema.
get_links(-1, '<li>', '</li>', '', FALSE, 'name', FALSE, FALSE, -1, FALSE);
Get_links es ya una función vieja (deprecated) por lo que es mejor utilizar
wp_list_bookmarks();
El uso de la función tal y como viene sin valores, será útil en la mayoría de temas, y si no, sólo tenemos que personarlizarla. Para eso, lo mejor es ver la documentación de wordpress.
